Akademia Medyczna w Gdańsku zaczęła funkcjonować od 8 października 1945 roku. Już w rok później rozpoczęły się pierwsze zajęcia dla słuchaczy Wydziału Farmaceutycznego. Zakład Bakteriologii Farmaceutycznej w swych początkach był połączony z Zakładem Mikrobiologii Lekarskiej i zajmował się wyłącznie dydaktyką. W tym czasie zajęcia z mikrobiologii dla obu wydziałów odbywały się w pomieszczeniach przy ul. Hibnera (dzisiejsze Do Studzienki).
Wykłady dla studentów II roku Farmacji od roku 1949 przez następnych 9 lat prowadził prof. dr hab. Stefan Kryński. W 1958 roku przeniesiono zajęcia z Mikrobiologii z II na III rok. W tym też czasie Zakład Bakteriologii Farmaceutycznej usamodzielnił się a jego kierownikiem został ówczesny dyrektor Instytutu Medycyny Morskiej i Tropikalnej prof. Zenon Buczowski. W 1963 r. przestał on pełnić funkcje kierownika Zakładu gdyż w wyniku zmian ustawowych przestało być możliwe jednoczesne pełnienie funkcji dyrektora instytutu i kierownika katedry. Nowym kierownikiem Zakładu została pani prof. Maria Morzycka związana do tej pory również z Instytutem Medycyny Morskiej i Tropikalnej.
W 1970 roku na Wydziale Farmacji przeprowadzono liczne zmiany lokalowe i organizacyjne, które również dotknęły Zakład Bakteriologii. Został on przeniesiony na ul. Hallera (ówczesną K. Marksa), do pomieszczeń zajmowanych wcześniej przez Farmację Stosowaną. Na Wydziale Farmacji utworzono dwa instytuty, Bakteriologia funkcjonowała w ramach Instytutu Technologii i Analizy Leków, którego kierownikiem był prof. Józef Zawlewicz. W 1984 roku rozwiązano oba instytuty, wtedy też Zakład ponownie zaczął działać samodzielnie jako Katedra i Zakład Mikrobiologii Farmaceutycznej.
Najdłużej funkcję kierownika, aż 21 lat, pełniła prof. Morzycka. Jej odejście na emeryturę w 1989 roku było tylko teoretyczne, pozostała w Katedrze do końca swego aktywnego życia zawodowego. Pasją Pani profesor była wirusologia. Na wydziale Farmacji zajmowała się przez długie lata chemioterapią zakażeń wirusowych, uzyskując duże osiągnięcia w tej dziedzinie. W Zakładzie prowadzono m.in. hodowle in vitro i namnażano wirusy w tym systemie. Oprócz działalności dydaktycznej i naukowej Zakład prowadził liczne zlecone badania środków dezynfekcyjnych.
W październiku 1990 kierownikiem katedry został prof. Romuald Skórko. Kierował Zakładem przez kilka miesięcy. Zmarł nagle 16 stycznia 1991 roku. Przez następne 2,5 roku Katedrą kierowała ponownie prof. Morzycka. W trakcie jej ciężkiej choroby w 1994 roku obowiązki kierownika pełniła dr Maria Wroczyńska – Pałka. Profesor Maria Morzycka zmarła 24 lipca 1994 roku.
Nowym Kierownikiem Zakładu w grudniu 1995 roku został mianowany dr hab. Władysław Werel, do tej pory związany z Uniwersytetem Gdańskim. Radykalnej zmianie uległ również profil badań naukowych. Oprócz badań typowo mikrobiologicznych utworzono od podstaw pracownię biologii molekularnej. W chwili obecnej właśnie biologia molekularna stanowi główny nurt badań naukowych prowadzonych przez Zakład skupiając się na zagadnieniach inicjacji transkrypcji.
W roku 2004 rozszerzyła się działalność dydaktyczna. W tym roku rozpoczęto zajęcia z Biologii Molekularnej dla utworzonego 2 lata wcześniej nowego kierunku studiów – Medycyny Laboratoryjnej. Obok Mikrobiologii i Immunologii stała się ona trzecim przedmiotem wykładowym prowadzonym przez Katedrę i Zakład Mikrobiologii Farmaceutycznej.